Я почти два месяца не пользовался эмулятором, но постоянно его обновлял (ОС Windows 10).
Сегодня обновил до версии 0.1-5485-gc6a57273 (dev), решил поиграть и облом: мало того, что слетели настройки контроллёров, так они ещё и не настраиваются в трёх режимах «Цифровой контроллёр», «Аналоговый контроллёр» и «Аналоговый джойстик».